Network.h

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#ifndef KINETX_NETWORK_H_
#define KINETX_NETWORK_H_

#include "Kinetx/Network.h"
#include <Eigen/Dense>
#include <Eigen/Sparse>

namespace Scine {
namespace Kinetx {

class Network {
 public:
  Network(Eigen::VectorXd masses, std::tuple<Eigen::SparseMatrix<double>, Eigen::SparseMatrix<double>> rateConstants,
          std::tuple<Eigen::SparseMatrix<int>, Eigen::SparseMatrix<int>> stoichiometry, std::vector<std::string> labels = {});

  // void load(std::string path);
  // void write(std::string path);

  const unsigned int nCompounds;
  const unsigned int nReactions;
  const Eigen::VectorXd masses;
  const std::tuple<Eigen::MatrixXd, Eigen::MatrixXd> rateConstants;
  const std::tuple<Eigen::SparseMatrix<int>, Eigen::SparseMatrix<int>> stoichiometry;

  const std::tuple<Eigen::SparseMatrix<int>, Eigen::SparseMatrix<int>> stoichiometryTransposed;
  const Eigen::SparseMatrix<int> totalStoichiometry;
  const Eigen::SparseMatrix<int> addedStoichiometry;
  const std::vector<std::string> compoundLabels;

 private:
};

} /* namespace Kinetx */
} /* namespace Scine */

#endif // KINETX_NETWORK_H_