- a -

• atomicCharges : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• atomicChargesForEachFragment : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• atomicInfoFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles
• atomIndexMapping : Scine::MMParametrization::ParametrizationData , Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData
• atomTypes : Scine::MMParametrization::ParametrizationData

- b -

• bondOrders : Scine::MMParametrization::ParametrizationData , Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData

- c -

• connectivityFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles
• constrainedAtoms : Scine::MMParametrization::ParametrizationData

- f -

• forces : Scine::Qmmm::QmmmData
• formalCharges : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• fullHessian : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• fullStructure : Scine::MMParametrization::ParametrizationData , Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData

- l -

• linkAtomNumbers : Scine::Qmmm::QmmmData
• listOfBackboneAlphaCarbons : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData
• listsOfNeighbors : Scine::MMParametrization::ParametrizationData , Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData

- n -

• nonRegContainerFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles
• nonRegContainerInfoFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles
• nonregularContainer : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData
• nRef : Scine::Qmmm::QmmmData
• numberOfAtoms : Scine::MMParametrization::ParametrizationData , Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData

- p -

• parameters : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• pHSensitiveSites : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• preparationDataDirectory : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles
• protein : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData
• proteinFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles
• proteinStructure : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData
• protonatedNonRegContainerFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles
• protonatedProteinFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles

- s -

• siteIspHSensitive : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• sites : Scine::MMParametrization::TitrationResults
• subsystemMapping : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData
• superfluousFragments : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• symmetryScores : Scine::Qmmm::QmmmData
• systemFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles

- t -

• titrationSitesFile : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles
• topology : Scine::MMParametrization::ParametrizationData

- u -

• unpairedElectrons : Scine::MMParametrization::ParametrizationData

- v -

• vectorOfAtomTypesForParameter : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• vectorOfBondOrderCollections : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• vectorOfChargesAndMultiplicities : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• vectorOfHessians : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• vectorOfHessianSubmatrixIndices : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• vectorOfNonRegContainerIndices : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData
• vectorOfOptimizedNonRefStructures : Scine::MMParametrization::TitrationResults
• vectorOfOptimizedStructures : Scine::MMParametrization::ParametrizationData
• vectorOfProteinIndices : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationData
• vectorOfStructures : Scine::MMParametrization::ParametrizationData

- w -

• workingDirectory : Scine::StructurePreparation::StructurePreparationFiles