- p -

• ParameterOptimizer() : Scine::MMParametrization::ParameterOptimizer
• parametersToVector() : Scine::MMParametrization::UpdateFunctionManager
• parametrize() : Scine::MMParametrization::Parametrizer
• Parametrizer() : Scine::MMParametrization::Parametrizer
• parseParameters() : Scine::MolecularMechanics::GaffParameterParser , Scine::MolecularMechanics::SfamParameterParser
• parseProvidedParameters() : Scine::MMParametrization::ReparametrizationHelper
• possibleProperties() : Scine::MolecularMechanics::MolecularMechanicsCalculator , Scine::Qmmm::QmmmCalculator , Scine::Swoose::MockQmCalculator
• predictEnergy() : Scine::Swoose::MachineLearning::MolecularMachineLearningModel
• predictForces() : Scine::Swoose::MachineLearning::MolecularMachineLearningModel
• prepare() : Scine::StructurePreparation::StructureProcessor
• prepareC6Matrix() : Scine::MolecularMechanics::SfamParameters
• printHelp() : Scine::Swoose::CommandLineOptions
• protonate() : Scine::StructurePreparation::StructureProcessor
• protonateAllAminoAcids() : Scine::StructurePreparation::ProtonationHandler
• protonateNonRegContainerWithExternalSoftware() : Scine::StructurePreparation::ProtonationHandler
• ProtonationHandler() : Scine::StructurePreparation::ProtonationHandler